在企业的制度体系建设与运行过程中，通常会存在这样一些问题，使制度体系并不能如预想能够对企业运营发挥支持作用，具体来看，制度体系中存在的问题如下：
制度体系不完善
许多企业在制定制度体系时，没有经过系统的思考与论证，不是从体系的方面去考虑，往往需要什么制度就临时制定编制，而没有在开始就以一个体系的思路在设计。因此这种制度体系存在的一个必然的问题就是制度体系不完善，比较明显的现象就是制度体系存在空白点，有些重要的业务没有相关的制度对其进行管理，造成无制度规范管理的业务空跑现象，另外有一些业务有多个制度进行管理，形成制度重复建设，给制度使用者带来困惑。
制度体系不合理
有些企业的制度体系建设没有经过科学的论证，企业是否需要这些制度，是否需要这些制度而不是其他制度，没有经过合理论证的制度体系往往会存在着难以适用于企业运营的问题。制度体系不合理的另一个方面存在于单体制度编写中，由于制度编写人往往未必对业务本身相当熟悉，在制度编写过程中，又没有组成不同专业人才参与的编写小组，往往会造成单体制度内容的空泛不合理，或者过渡借鉴其他企业制度而忽略了本企业的运营特征。
制度体系难执行
由于单体制度制定过程中存在的问题，造成制度体系不符合企业实际情况，具体表现在职责分配不合理、授权不充分、制度与流程没有充分结合，甚至存在制度与流程相互冲突的现象。在这种情况下，由于制度的不合理，造成体系难以执行的现象在企业中存在较多。我们走过很多家企业，发现大多数企业内部其实并不缺乏制度，但是却极度缺乏能执行的制度。
制度体系难考核
制度如果制定的合理清晰，内容符合企业的实际运营情况，但是仍然在企业内得不到良好的贯彻执行，在许多企业里也是一个较为普遍的现象。其实如果细想起来，任何制度都是为了给人以规范，所有的规范都会给业务的执行者带来麻烦，如果可以选择，企业业务的执行者宁愿根据自己的理解来开展工作，而躲开那些为了约束自己而制定的繁文缛节。所以所有能够得到良好执行的制度都是强迫执行的，因此在制度体系的执行过程中应该配以严格的考核，以此来强迫业务执行者来执行制度。而许多企业恰恰忽略制度的考核，对制度考核的忽略，造成了企业制度体系的难以执行。
